病院内で細菌やウイルスなどの病原体に曝露（接すること）して感染したら、すべて院内感染です。潜伏期間が病原体により異なりますが、Centers for Disease Control and Prevention(CDC、米国疾病対策センター)の定義では入院して3日目 （48時間以上）以降に発病すれば、院内感染とみなします。